Внутренняя перегородка обычно применяется при использовании теплицы 8 метров и более. Так же перегородку используют для разбивки пространства теплицы под разные растения, выращивание которых требует различных условий или несовместимых друг с другом. Перегородка состоит из двери и форточки, аналогичные расположенны в торцах теплицы.
Сотовый поликарбонат в комплект не входит и приобретается отдельно, на одну перегородку требуется лист 2,1 х 3 метра.